1994年1月，中國科學院向全體學部委員發(fā)出通知，國務(wù)院決定，中國科學院學部委員改稱為中國科學院院士。6月8日，經(jīng)過中科院第七次院士大會選舉，產(chǎn)生中科院首批外籍院士，他們是巴頓、張立綱、陳省身、馮元楨、李政道、林家翹、李約瑟、雷文、司馬賀、田長霖、丁肇中、吳健雄、楊振寧、丘成桐。
1994年6月3日至8日，中國工程院成立大會在北京舉行。中國工程院是全國工程技術(shù)界的最高榮譽性、咨詢性學術(shù)機構(gòu)，實行院士制度。根據(jù)確定的中國工程院院士標準和條件，按照規(guī)定程序，經(jīng)過提名、討論、遴選和審議，中國工程院產(chǎn)生首批院士，并經(jīng)國務(wù)院批準公布。
1995年5月，中共中央、國務(wù)院作出《關(guān)于加速科學技術(shù)進步的決定》，召開全國科技大會，實施科教興國戰(zhàn)略，實現(xiàn)我國現(xiàn)代化建設(shè)的戰(zhàn)略目標�？平膛d國，是指全面落實科學技術(shù)是第一生產(chǎn)力的思想，堅持教育為本，把科技和教育擺在經(jīng)濟社會發(fā)展的重要位置。
1996年3月18日，國家科技領(lǐng)導(dǎo)小組成立暨第一次會議在中南海舉行。李鵬擔任組長，溫家寶、宋健擔任副組長。國家科技領(lǐng)導(dǎo)小組的主要職責是研究、制定國家科技政策，討論決定重大科技任務(wù)與項目，協(xié)調(diào)全國各部門科技工作的關(guān)系等。其成立體現(xiàn)我國把科教興國戰(zhàn)略放到很高的位置。
1997年2月27日，《自然》雜志報道了關(guān)于克隆羊多利的研究成果，迅速引發(fā)世界范圍內(nèi)關(guān)于動物克隆技術(shù)的熱烈爭論�？茖W家們普遍認為，多利的誕生標志著生物技術(shù)新時代來臨，這使德國胚胎學家于1938年提出的克隆設(shè)想變成了現(xiàn)實。多利出現(xiàn)后，“克隆”這一術(shù)語變得廣為人知。
1997年11月8日，長江三峽工程實現(xiàn)大江截流。三峽工程截流合龍時選定的設(shè)計流量為每秒1.4萬立方米至1.94萬立方米，截流最大水深為60米，創(chuàng)水電工程的世界紀錄。三峽工程的大江截流與其他水電工程相比，綜合難度最大，要通過在長江主河床上構(gòu)筑兩道圍堰，繼而修建大壩和廠房。
1998年2月，“國家水稻工程”四大難題招標攻關(guān)取得階段性成果，其研究水平居國際領(lǐng)先地位。中國水稻研究所、浙江省農(nóng)科院、湖南省農(nóng)科院育成了中優(yōu)早5號、浙9521、浙935、湘早秈9號等一批優(yōu)質(zhì)早秈良種，畝產(chǎn)可達550公斤左右，米質(zhì)達部頒二級優(yōu)質(zhì)米標準。
1999年11月20日，我國第一艘載人航天試驗飛船“神舟”號在中國酒泉衛(wèi)星發(fā)射中心新建成的航天發(fā)射場發(fā)射升空。在完成預(yù)定的空間科學試驗后，飛船在內(nèi)蒙古自治區(qū)中部地區(qū)成功著陸。這是我國載人航天工程的第一次飛行試驗，標志著我國載人航天技術(shù)有了新的重大突破。
2000年11月29日，我國第一臺類人型機器人研制成功。它身高1.4米，體重20千克，具有類似于人的身軀、脖子、頭部、眼睛、雙臂與雙足，并且具備了一定的語言功能。這標志我國機器人技術(shù)已經(jīng)躋身國際先進行列，真正使得我國機器人研究成為走向新世紀的“先行者”。
2001年1月10日，我國自行研制的第一艘無人飛船神舟二號在酒泉衛(wèi)星發(fā)射中心載人航天發(fā)射場發(fā)射升空。這次發(fā)射的飛船沒有載人，但飛船技術(shù)狀態(tài)與載人飛船基本一致。這標志著我國載人航天事業(yè)取得了新進展，向?qū)崿F(xiàn)載人飛行邁出了可喜的一步。
2001年2月12日，由6國科學家共同參與的國際人類基因組公布了人類基因組圖譜及初步分析結(jié)果。美、英、法、德、日和中國先后參加人類基因組對23對染色體DNA大規(guī)模測序的國際合作，最終繪制了一張類似化學元素周期表的人類基因組精確圖譜，為人類揭開自身奧秘奠定了堅實的基礎(chǔ)。
2002年2月，中國第三代移動通信系統(tǒng)研制成功，標志著我國在第三代移動通信的核心技術(shù)方面取得突破性進展。中國歷時3年、投入近10億元人民幣開發(fā)成功符合國家標準的三套系統(tǒng)，其中TD-SCDMA是電信史上首次由中國提出并被國際電信聯(lián)盟正式接納的國際標準。
2002年4月7日，“神光二號”巨型激光器將成百臺光學設(shè)備集成在一個空間內(nèi)，當八束強激光通過放大鏈聚集到燃料靶球時，在十億分之一秒的超短瞬間內(nèi)可發(fā)射出相當于全球電網(wǎng)電力總和數(shù)倍的強大功率，引發(fā)聚變反應(yīng)，標志著中國高功率激光科研和激光核聚變研究進入世界先進行列。
2003年10月15日，中國自行研制的神舟五號載人飛船在酒泉衛(wèi)星發(fā)射中心發(fā)射成功。翌日，神舟五號飛船返回艙在內(nèi)蒙古四子王旗主著陸場成功著陸，中國首位航天員楊利偉自主出艙。中國由此成為世界上第三個掌握載人航天技術(shù)的國家，標志著我國科技發(fā)展躍上新水平。
2004年5月3日，秦山核電二期工程2號機組正式投入商業(yè)運行。至此，我國自主設(shè)計、自主建造、自主管理和自主運營的第一座大型商用核電站全面建成投產(chǎn)，標志著我國實現(xiàn)了由自主建設(shè)小型原型堆核電站到自主建設(shè)大型商用核電站的重大跨越。
2005年10月12日，青藏鐵路格爾木至拉薩段全線鋪通。青藏鐵路起于青海省西寧市，終點為西藏自治區(qū)首府拉薩市，全長1956公里，其中西寧至格爾木線路已于1984年開通運營。青藏鐵路全線鋪通，對于實施西部大開發(fā)戰(zhàn)略、實現(xiàn)全面建設(shè)小康社會的宏偉目標具有十分重要的意義。
2005年10月17日凌晨，我國神舟六號載人飛船經(jīng)過115小時33分的在軌飛行，準確著陸在預(yù)定區(qū)域，航天員費俊龍、聶海勝勝利凱旋，實現(xiàn)了“成功發(fā)射、正常運行、安全返回，航天員健康出艙”的預(yù)定目標，標志著神舟六號載人航天飛行獲得圓滿成功。
2006年，“中國下一代互聯(lián)網(wǎng)示范工程”獲得一系列重大創(chuàng)新成果，建成并穩(wěn)定運行全球第一個也是規(guī)模最大的純IPv6互聯(lián)網(wǎng)主干網(wǎng)；在國際上首次提出下一代互聯(lián)網(wǎng)的新型尋址體系結(jié)構(gòu)和兩代互聯(lián)網(wǎng)的獨特過渡技術(shù)。其中３項成果屬于國際首創(chuàng)，總體上達到世界領(lǐng)先水平。
2007年10月24日，嫦娥一號衛(wèi)星在西昌衛(wèi)星發(fā)射中心由長征三號甲運載火箭成功發(fā)射，于11月7日正式進入工作軌道。經(jīng)過星上設(shè)備調(diào)試，11月18日衛(wèi)星轉(zhuǎn)為對月定向姿態(tài)，11月20日開始傳回探測數(shù)據(jù)，經(jīng)過處理制作完成了第一幅月面圖像并完成了三維影像制作。
2008年7月22日，北京正負電子對撞機重大改造工程（BEPCII）取得重要進展——加速器與北京譜儀聯(lián)合調(diào)試對撞成功，并觀察到了正負電子對撞產(chǎn)生的物理事例，標志著BEPCII圓滿完成建設(shè)任務(wù)。改造后的BEPCII將在世界同類型裝置中繼續(xù)保持領(lǐng)先地位。
2008年9月25日21點10分，神舟七號載人航天飛船在中國酒泉衛(wèi)星發(fā)射中心載人航天發(fā)射場用長征二號F火箭發(fā)射升空。飛船于9月28日17點37分成功著陸于中國內(nèi)蒙古四子王旗主著陸場。神舟七號載人航天飛行實現(xiàn)了航天員出艙活動和小衛(wèi)星伴飛，成功完成了多項技術(shù)試驗。
2009年，我國首臺千萬億次超級計算機系統(tǒng)——“天河一號”在國防科學技術(shù)大學研制成功。在2009年全國高性能計算學術(shù)年會上，“天河一號”位列2009年度中國高性能計算機TOP 100排名第一位。這是我國首臺也是唯一一臺千萬億次超級計算機系統(tǒng)，標志著我國成為繼美國之后，世界上第二個能夠研制千萬億次超級計算機的國家。
2010年5月20日，美國私立科研機構(gòu)克雷格·文特爾研究所研究人員報告說，他們培育出第一個由人工合成基因組控制的細胞，從而向人造生命形式邁出了關(guān)鍵一步。研究人員相信這個有機體將為創(chuàng)造出更復(fù)雜生物鋪平道路，將來的復(fù)雜生物可以將環(huán)境廢物轉(zhuǎn)化為清潔能源，可以抵御疾病，還可以吸收污染物。
2010年11月14日，國際TOP500組織在網(wǎng)站上公布了最新全球超級計算機前500強排行榜，中國首臺千萬億次超級計算機系統(tǒng)“天河一號”雄居第一。“天河一號”由國防科學技術(shù)大學研制，部署在國家超級計算天津中心，其實測運算速度可以達到每秒2570萬億次。
2010年11月15日，京滬高速鐵路全線完成鋪通工程，這是京滬高速鐵路建設(shè)取得的又一重大階段性成果。京滬高速鐵路的全線鋪通，標志著以線下工程和鋪軌為主的站前工程全部結(jié)束。京滬高速鐵路全線共設(shè)24個車站，是世界上一次建成線路里程最長、標準最高的高速鐵路。
2011年11月3日1時36分，神舟八號與天宮一號在太空成功實現(xiàn)首次交會對接。11月14日20時，天宮一號與神舟八號成功進行了第二次交會對接。11月17日19時32分，神舟八號飛船降落于內(nèi)蒙古四子王旗主著陸場。天宮一號與神舟八號交會對接任務(wù)取得圓滿成功。繼美俄之后，中國成為世界上第三個掌握完整的太空對接技術(shù)的國家。
2012年6月29日10時03分，在經(jīng)過近13天太空飛行后，神舟九號載人飛船返回艙順利著陸，天宮一號與神舟九號載人交會對接任務(wù)獲得圓滿成功，實現(xiàn)了我國空間交會對接技術(shù)的又一重大突破，標志著我國載人航天工程第二步戰(zhàn)略目標取得了具有決定性意義的重要進展。
2013年12月14日21時11分，嫦娥三號成功實施月面軟著陸。此次成功落月使中國成為全世界第三個實現(xiàn)月面軟著陸的國家。落月前，“玉兔”月球車本身并不工作。前期飛行、動力下降及實施軟著陸過程，均由著陸器完成。到達月球后，著陸器釋放出月球車，各自在月面開展探測任務(wù)。
2014年9月24日和10月10日，由中國科學院院士謝華安任組長的專家組和農(nóng)業(yè)部測產(chǎn)專家組組長、中國水稻研究所所長程式華等專家，分別在牛形村和紅星村現(xiàn)場測產(chǎn)，平均畝產(chǎn)分別達到1006.1公斤和1026.70公斤，首次實現(xiàn)了超級稻百畝片過千公斤的目標，創(chuàng)造了一項里程碑式的世界紀錄。
2014年11月7日出版的《物理評論快報》發(fā)表了一項重要成果，中國科學技術(shù)大學潘建偉院士及其團隊與中科院上海微系統(tǒng)所和清華大學合作，通過發(fā)展高速獨立激光干涉技術(shù)，結(jié)合高效率、低噪聲超導(dǎo)納米線單光子探測器，將可以抵御黑客攻擊的遠程量子密鑰分發(fā)系統(tǒng)的安全距離擴展至200公里，并將成碼率提高了3個數(shù)量級，創(chuàng)下新的世界紀錄。
2015年3月30日，北斗系統(tǒng)全球組網(wǎng)首顆衛(wèi)星在西昌發(fā)射成功，標志著我國北斗衛(wèi)星導(dǎo)航系統(tǒng)由區(qū)域運行向全球拓展的啟動實施。這顆衛(wèi)星由中科院和上海市政府共建的上海微小衛(wèi)星工程中心研制，是我國首顆新一代北斗導(dǎo)航衛(wèi)星，入軌后將開展新型導(dǎo)航信號體制、星間鏈路等試驗驗證工作。
2015年11月2日，中國自主研制的大型客機C919首架機在上海正式下線。C919飛機自主創(chuàng)新有5個標志，包括飛機總體方案、氣動外形、飛機機體設(shè)計與制造、系統(tǒng)集成及工程項目管理等。C919總裝下線對于中國民機產(chǎn)業(yè)發(fā)展、基礎(chǔ)工業(yè)實力提升、發(fā)展制造強國具有深遠的意義。
2016年2月11日，美國加州理工學院、麻省理工學院以及“激光干涉引力波天文臺（LIGO）”的研究人員在華盛頓舉行記者會，宣布他們利用LIGO探測器于2015年9月14日探測到來自于兩個黑洞合并的引力波信號。引力波是愛因斯坦廣義相對論實驗驗證中最后一塊缺失的“拼圖”。
2016年8月16日1時40分，世界首顆量子科學實驗衛(wèi)星“墨子”號發(fā)射圓滿成功。此次發(fā)射任務(wù)于酒泉衛(wèi)星發(fā)射中心完成，它的成功標志著我國空間科學研究又邁出重要一步，也意味著在通信技術(shù)發(fā)展的歷史上，人類再次開疆拓土。量子衛(wèi)星是繼暗物質(zhì)粒子探測衛(wèi)星和實踐十號衛(wèi)星之后我國完成發(fā)射的第三顆科學衛(wèi)星。
2016年9月25日，世界最大單口徑射電望遠鏡——500米口徑球面射電望遠鏡（FAST）在貴州省平塘縣大窩凼正式啟用。FAST是具有我國自主知識產(chǎn)權(quán)的大科學裝置，由中國科學家創(chuàng)新設(shè)計、研發(fā)制造、組織施工，將在今后10~20年里保持世界一流，對于幫助人們揭開宇宙初始混沌、暗物質(zhì)分布等謎團意義重大。
2017年5月5日14時許，我國首款國際主流水準的國產(chǎn)大型客機C919在上海浦東國際機場首飛。C919擁有完全自主知識產(chǎn)權(quán)，是建設(shè)創(chuàng)新型國家的標志性工程，其凝聚了國內(nèi)最優(yōu)秀的設(shè)計人才和工程人才，針對先進的氣動布局、結(jié)構(gòu)材料和機載系統(tǒng)，研制人員共規(guī)劃了102項關(guān)鍵技術(shù)攻關(guān)。
2017年7月20日，美國斯坦福大學華人科學家張首晟等人在《科學》雜志上報告說，他們首次發(fā)現(xiàn)了馬約拉納費米子存在的證據(jù)。這一重大發(fā)現(xiàn)解決了困擾量子物理學80年的難題，對量子計算也具有重要意義。意大利物理學家埃托雷·馬約拉納預(yù)言，自然界中可能存在一類特殊的粒子，它們的反粒子就是自身，這種粒子被稱為馬約拉納費米子。
2018年1月25日，克隆猴“中中”和“華華”登上《細胞》雜志封面，這意味著我國科學家成功突破了現(xiàn)有技術(shù)無法克隆靈長類動物的世界難題。中科院神經(jīng)科學研究所孫強團隊經(jīng)過5年努力，成功突破了世界生物學前沿的這個難題。利用該技術(shù)，科研團隊未來可培育出大批基因編輯和遺傳背景相同的模型猴。
2018年10月20日，國產(chǎn)大型水陸兩棲飛機“鯤龍”AG600在湖北荊門漳河機場成功實現(xiàn)水上首飛起降。AG600飛機是我國首次按照中國民航適航規(guī)章要求自主研制的大型特種用途飛機，也是目前世界上在研最大的水陸兩棲飛機。AG600飛機具有執(zhí)行森林滅火、水上救援、海洋環(huán)境監(jiān)測與保護等多項特種任務(wù)的能力，是國家應(yīng)急救援重大航空裝備。
2018年10月24日，全球最長跨海大橋——港珠澳大橋正式通車運營。港珠澳大橋跨越伶仃洋，東接香港特別行政區(qū)，西接廣東省珠海市和澳門特別行政區(qū)，全長55公里，使用壽命120年，抗16級臺風、8級地震，是在“一國兩制”框架下粵港澳三地首次合作建設(shè)的超大型跨海交通工程。
2019年1月3日，嫦娥四號探測器成功著陸在月球背面艾特肯盆地馮·卡門撞擊坑，在“鵲橋”號中繼星的支持下，嫦娥四號著陸器與“玉兔二號”巡視器分別開展了就位探測和巡視勘察。嫦娥四號在月球背面的工作時長已超過300天，遠超設(shè)計壽命；“玉兔二號”巡視器克服各項障礙，行駛里程也已超過300米，實現(xiàn)了“雙三百”的突破。
2019年4月10日，數(shù)百名科研人員參與合作的“事件視界望遠鏡”項目在全球多地同時召開新聞發(fā)布會，發(fā)布他們拍到的第一張黑洞照片。照片展示了室女座超巨橢圓星系M87中心的超大質(zhì)量黑洞，其質(zhì)量是太陽的65億倍，距離地球大約5500萬光年。照片給出黑洞這一極端天體存在的最直接證據(jù)，驗證了廣義相對論。